Χλωρίδα-Βλάστηση
Η περιοχή του Εθνικού Πάρκου παρουσιάζει μια πλούσια και πολύμορφη χλωρίδα με είδη χαρακτηριστικά της ευμεσογειακής και παραμεσογειακής ζώνης βλάστησης. Στο μεγαλύτερο τμήμα της καλύπτεται από δασική βλάστηση, η σύνθεση της οποίας είναι αποτέλεσμα της επίδρασης του κλίματος, της γεωμορφολογίας, των εδαφικών συνθηκών και της γειτνίασης με τον ποταμό Έβρο. Η βλάστηση συγκροτείται κυρίως από μαύρη πεύκη (Pinus nigra) και τραχεία πεύκη (Pinus brutia) σε μίξη με δρύες (Quercus spp.) και άλλα φυλλοβόλα είδη, καθώς και από θαμνώνες μακκίας βλάστησης.
Στο κέντρο και στα ανατολικά του Εθνικού Πάρκου συναντάμε δάση κωνοφόρων, στα οποία κυριαρχεί η τραχεία Πεύκη (Pinus brutia) και δευτερευόντως η Μαύρη Πεύκη (Pinus nigra), ενώ τα φυλλοβόλα, τα μικτά δάση και η μακία βλάστηση καλύπτουν μικρή μόνο έκταση. Αντιθέτως, στα βόρεια και στα νοτιοδυτικά κυριαρχούν τα αμιγή δάση δρυός, με είδη όπως η Πλατύφυλλη δρυς (Quercus frainetto), το Τσέρο (Q. cerris) και η Χνοώδης δρυς (Q. pubescens), τα οποία έχουν υποστεί έντονη υλοτομία στο παρελθόν. Στις ενδιάμεσες ζώνες συναντάμε μικτά δάση Πεύκης-Δρυός. Σκληρόφυλλοι θάμνοι όπως η Αγριοκουμαριά (Arbutus andrachne), το Φυλλίκι (Phillyrea latifolia), το Ρείκι (Erica arborea) και η Λαδανιά (Cistus incanus) συναντώνται κυρίως στα νοτιοδυτικά του Εθνικού Πάρκου.
Όσον αφορά την παραποτάμια βλάστηση, κυριαρχεί το κοινό σκλήθρο (Alnus glutinosa), ενώ αλλού κυριαρχούν η Ιτιά (Salix spp.), η Λεύκα (Populus nigra) και τα Αλμυρίκια (Tamarix spp.).
Στο Εθνικό Πάρκο μέχρι σήμερα έχουν καταγραφεί 360-400 είδη φυτών. Ανάμεσά τους βρίσκουμε δύο είδη ενδημικά της Ελλάδας (Minuartia greuteriana και Onosma kittanae), καθώς και τρία σπάνια είδη (Cephalanthera epipactoides, Salix xanthicola και Zygophyllum album). Είκοσιεννέα είδη φυτών τελούν υπό καθεστώς προστασίας, ενώ αξιοσημείωτη είναι η παρουσία 25 ειδών ορχιδέας καθώς και του Eriolobus trilobatus, ενός σπάνιου είδους Αγριομηλιάς με πολύ περιορισμένη εξάπλωση.